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Todo esto se regula por un Real Decreto de 25 de septiembre de 1844 en cuyo preámbulo se dice literalmente: “Tiempo hace ya que se reclama por todos los amantes de las bellas artes una reforma radical de su enseñanza, a fin de elevarla a la altura que tiene en otras naciones europeas, dándole la extensión que necesita para formar profesores. Cierto es que la Real Academia de San Fernando ha desplegado siempre el más laudable celo en favor de esta enseñanza; pero escasa de medios, no ha podido menos de darla incompleta...”
Reinaba en aquel momento Isabel II y estos cambios coincidieron con la llagada de los moderados al poder, encabezados por Narváez, figurando entre sus ministros Pedro José Pidal, académico de San Fernando por la Sección de Arquitectura. De aquí que los estudios de arquitectura alcanzaran muy pronto una vida propia e independiente de la mencionada Escuela de Nobles Artes, con lo que se fue haciendo cada vez más evidente la cesura producida entre la Academia y las enseñanzas artísticas. La nueva Escuela de Nobles Artes contó inmediatamente con un Reglamento para su “régimen y organización”, publicado en 1845, y al año siguiente se aprobaron los nuevos Estatutos de la que desde entonces, y sólo desde entonces, se llamaría Real Academia de Nobles Artes de San Fernando.
De la separación entre Academia y Escuela surgió una nueva Academia en cuya organización y gobierno recuperaron terreno los artistas. Desaparecieron los académicos honorarios, haciendo a todos los individuos de la corporación “iguales en consideraciones y prerrogativas”. Se limitó el número de los miembros de la Academia, organizándolos por vez primera en secciones: pintura, escultura y arquitectura, en este orden. Se contempla la existencia de comisiones; se establecen juntas generales a la que tienen derecho a asistir todos los individuos de la corporación; se señala la existencia de académicos “corresponsales”; se nombra una Junta de Gobierno y, en fin se vislumbra una Academia que está en el origen de la actual, a través de treinta y seis artículos.
Hacia una Nueva Academia: Los Estatutos de 1864
De este modo, la Academia no conoció un Reglamento hasta que se aprobaron los nuevos Estatutos de 1864 que, en sus cinco capítulos y cuarenta y siete artículos, dieron lugar a un pormenorizado Reglamento publicado un año después. Inicialmente no deja de llamar la atención la corta vida de los anteriores Estatutos de 1846, pues no habían cumplido aún los veinte años de vigencia, pero las nuevas tareas asignadas por el Gobierno a la Academia justificaban una revisión de aquellos. Por otra parte, la estructura y jerarquía interna de la Academia conoció cambios sustanciales que le alejaban aún más del modelo dieciochesco para reconocer en ella a una institución más ágil y moderna al compás del tiempo que le tocó vivir, perdiendo del todo el carácter estamental que tuvo años atrás. En este sentido resulta muy significativa la desaparición de los seis consiliarios que aún conservaba en los Estatutos de 1846. Al propio tiempo, el objeto mismo de la Academia queda explícito en su primer artículo, no dejando la menor duda sobre su misión, al margen de las enseñanzas artísticas que ya no se mencionan en ningún caso. Así, la finalidad de la Academia de San Fernando era “promover el estudio y cultivo de las tres Nobles Artes, Pintura, Escultura y Arquitectura , estimulando su ejercicio y difundiendo el buen gusto artístico con el ejemplo y doctrina”, es decir, una actividad fundamentalmente teórica y crítica que se sustanciaría a través de un plan de publicaciones (diccionarios, monografías, traducciones, etcétera), exposiciones, colecciones artísticas, además de nuevos cometidos como la inspección de museos y la restauración de monumentos. En cualquier caso unos objetivos absolutamente diferentes de los que hasta entonces había perseguido la Academia. Ello exigió, por ejemplo, la creación de comisiones permanentes dedicadas a la conservación de monumentos y a la inspección de museos, pues la Academia fue la institución que se hizo cargo de la Comisión Central de Monumentos Históricos y Artísticos, creada en 1844 e incorporada física y administrativamente al edificio de la Academia en 1859, con toda su abundante e importante documentación, de acuerdo con lo dispuesto por la Ley de Instrucción Pública de 1857.
En aquellos Estatutos de 1864 se redujo prácticamente a la mitad el número de académicos, pasando de un presidente, seis consiliarios y sesenta académicos, en 1846, a treinta y seis académicos entre los que se incluyen los cargos de director, secretario, censor, bibliotecario-conservador y tesorero.